tplgeneL: ToPoLogy generatinG ENginE for Ligands （ﾘｶﾞﾝﾄﾞ分子ﾄﾎﾟﾛｼﾞｰ構築ｴﾝｼﾞﾝ）
このエンジンは、myPrestoの他のプログラムで利用するﾘｶﾞﾝﾄﾞの分子トポロジーを構築するためのものです
selectMTS: Multiple Target Screening method (screeningTools.tar.gz に梱包されています。)
オリジナルのMTS法、 machine-learning MTS (MSM-MTS) 法、 direct score modification MTS (DSM-MTS)法の３つの手法が利用できます。もし、ﾀｰｹﾞｯﾄとする受容体に対するactive compoundsが既知の場合には、 machine-learning MTS が最もヒット率が高い方法です。 (Y. Fukunishi, Y. Mikami, S. Kubota, H. Nakamura, “Multiple target screening method for robust and accurate in silico screening.” Journal of Molecular Graphics and Modelling,25, 61-70 (2005); Y. Fukunishi, S. Kubota, H. Nakamura, “Noise reduction method for molecular interaction energy: application to in silico drug screening and in silico target protein screening”, Journal of Chemical Information and Modeling, 46, 2071-2084 (2006))
selectDSI: Docking Score Index method (screeningTools.tar.gz に梱包されています。)
ligand-based drug screening法として、 オリジナルのdocking score index (DSI)法と、 machine-learning DSI (ML-DSI) 法が利用できます。もし、ﾀｰｹﾞｯﾄとする受容体に対するactive compoundsが複数既知の場合には、 machine-learning DSI が高いヒット率を示せます。(Y. Fukunishi, Y. Mikami, K. Takedomi, M. Yamanouchi, H. Shima, H. Nakamura. “Classification of chemical compounds by protein-compound docking for use in designing a focused library”, Journal of Medicinal Chemistry, 49, 523-533 (2006); Y. Fukunishi, S. Hojo, H.Nakamura, “An efficient in silico screening method based on the protein-compound affinity matrix and its application to the design of a focused library for cytochrome P450 (CYP) ligands.”, Journal of chemical information and modeling, 46, 2610-22 (2006))
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Hgene: Hydrogen Generation ENginE （水素原子構築ｴﾝｼﾞﾝ, Tools.tar.gzに梱包されています。）
一般的な低分子リガンドに対して、正しい位置に水素原子を発生させ、Gasteiger電荷を付与します。2010年12月に、一部、正しくないGasteiger電荷が付与されていた不具合を修正しました。
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Confgene:Conformer Generation ENginE （ｺﾝﾌｫｰﾏ構築ｴﾝｼﾞﾝ, Tools.tar.gzに梱包されています。）
低分子リガンドのコンフォーマ構造を発生します。
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ConfgeneC: Conformer Generation ENginE for Cyclic part （環状分子のｺﾝﾌｫｰﾏ構築ｴﾝｼﾞﾝ, Tools.tar.gzに梱包されています。）
低分子リガンドにおける環状部分について、コンフォーマ構造を発生します。
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Substrucure_search
化合物の構造類似性に基づいてligand-based drug screeningを行なうプログラムです。Ullmanの方法により、低分子リガンドの立体構造に基づいて、類似したサブ構造探索を行います。
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TGS: Topological Graph Search (A Similarity Search Using Molecular Topological Graphs)
Molecular Edge マトリクスの固有値に基づき、低分子リガンドの分子の類似性を解析します。( Y. Fukunishi, H. Nakamura. “A similarity search using molecular topological graphs”, Journal of Biomedicine and Biotechnology, Volume 2009 (2009), Article ID 231780)
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MD-MVO: Molecular-Dynamics Maximum-Volume Overlap
分子動力学計算により、低分子リガンド同士の体積の重なりが最も大きくなるような配置を考えることによる、リガンド分子の類似性解析を行います。 (Y. Fukunishi, H. Nakamura, “A new method for in-silico drug screening and similarity search using molecular-dynamics maximum-volume overlap (MD-MVO) method”, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2009, 27, 628-636)
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MolSite: （ﾘｶﾞﾝﾄﾞ結合ﾎﾟｹｯﾄ探索ﾂｰﾙ）
低分子リガンド・ライブラリーを用いて、それらのリガンドをタンパク質にドッキングさせることによって、リガンド結合ポケットの探索を行います。 (Y. Fukunishi, H. Nakamura. “Prediction of ligand-binding sites of proteins by molecular docking calculation for a random ligand library.” Protein Science, in press)
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UAP: Univeral Active Probes
ドラッグライクな低分子リガンド・ライブラリです。UAPを用いることにより、active compoundsが未知の場合においても、ensemble dockingのためのタンパク質受容体の良いモデル構造を選択できます。(Y. Fukunishi, K. Ono, M. Orita, H. Nakamura. “Selection of in-silico drug screening result by using universal active probes (UAPs).” Journal of Chemical Information and Modeling, 2010, 50, 1233-1240)
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LogS_prediction: （溶解度推定ﾂｰﾙ）
分子記述詞と溶媒和自由エネルギーに基づいて低分子化合物の溶解度（LogS）を推定し、アグリゲータも予測します。(T. Mashimo, Y. Fukunishi, M. Orita, N. Katayama, S. Fujita, H. Nakamura. “Quantitative analysis of aggregation-solubility relationship by in-silico solubility prediction.” International Journal of High Throughput Screening, 2010:1, 99-107)
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3DdataConstruction: （ﾘｶﾞﾝﾄﾞ分子構造構築ﾂｰﾙ）
低分子化合物の２次元電子カタログ（2D mol2ファイル）から３次元分子構造の3D mol2ファイルを構築するツールです。
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Affinity_fingerprint: Compound database and protein-compound affinity matrix （ﾀﾝﾊﾟｸ質‐ﾘｶﾞﾝﾄﾞ分子ﾄﾞｯｷﾝｸﾞｽｺｱ・ﾏﾄﾘｸｽ）
低分子リガンドと、182タンパク質に対する200万の低分子化合物のSievgeneによるドッキングスコア・マトリクスを提供します。このデータベースがselectMTSおよび selectDSIに使われます。この大きなサイズのデータを利用したい方は、福西 快文 主任研究員 (y-fukunishi * aist. go. jp: * は @に置き換えること)に連絡をしてください。
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LigandBox: LIGANd Data Base Open and eXtensible （ﾘｶﾞﾝﾄﾞ分子ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ）
市販されている低分子化合物の3次元分子構造と分子電荷や物理化学的パラメータを含むオープンなデータベースです。またKEGG DRUGに集められた医薬品についても同様の情報を含んでいます。 |
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